有的。而且這三種,各自卡在不同的地方。
第一種,曾被當成細菌,在冰箱裡放了十年。
那株在冰箱裡當了十年細菌的病毒
一九九二年,英國科學家在一座冷卻水塔裡採水樣,在變形蟲體內發現了一種顆粒。他們用革蘭氏染色法一染,呈陽性,理所當然地認為是細菌,就放進冰箱存了起來。
這一存就是十年。二〇〇三年,法國馬賽大學的研究團隊重新檢視這個樣本,才發現它根本不是細菌,而是一種病毒,只是大得出奇。
他們把它命名為擬菌病毒,因為它在大小和染色特徵上太像細菌了。擬菌病毒的直徑將近七百五十奈米。流感病毒的直徑大約一百奈米,噬菌體還更小。擬菌病毒比很多細菌都大,用普通光學顯微鏡就能直接看到。
它的基因組超過一百二十萬鹼基對,編碼超過九百個蛋白質。這對病毒來說是天文數字,流感病毒的基因組只有一萬三千多個鹼基對,HIV 大約一萬個。

一個自帶修復工具的病毒
傳統觀念認為,病毒是絕對的寄生者。它沒有自己的代謝機器,進入宿主細胞之後,完全借用宿主的核糖體來轉譯蛋白質,借用宿主的能量供應來驅動自身複製。
但擬菌病毒的基因組裡,有自己的 DNA 修復酶,有參與轉錄的基因,有合成某些胺基酸的基因,甚至有部分參與轉譯過程的基因。它雖然還沒有自己的核糖體,但它擁有的東西已經大大突破了人們對病毒的想像。
潘朵拉病毒:兩百五十萬鹼基對,九成三是陌生人
這之後,更大的巨型病毒接連被發現。二〇一三年報導的潘朵拉病毒(Pandoravirus),基因組達到了兩百五十萬鹼基對,比擬菌病毒還大一倍。
最令人困惑的是它的內容。潘朵拉病毒的基因組裡,大約百分之九十三的基因在已知生命的資料庫裡找不到任何同源序列。也就是說,沒有人知道這些基因是從哪裡來的,也不知道它們究竟是用來做什麼的。
會被病毒寄生的病毒
巨型病毒還有一個很詭異的現象,它們自己也會被病毒寄生。二〇〇八年,科學家在擬菌病毒的宿主變形蟲體內,發現了一種只有五十奈米大小的病毒。它不感染變形蟲,只感染擬菌病毒,並且會利用擬菌病毒的複製機器來繁殖自身,同時破壞擬菌病毒的正常複製。
這個發現太過離奇,研究者把它命名為衛星病毒,意指它圍繞著另一個病毒運行。這是人類發現的第一個真正意義上的「病毒的病毒」。
一個依靠寄生來複製的東西,本身又被另一個依靠寄生來複製的東西寄生。
生命之樹上沒有牠們的位置
分類學上的困境也隨之而來。病毒歷來不被納入生命之樹,原因是它們沒有核糖體,不能自主合成蛋白質,不具備細胞結構。在傳統生物學的定義裡,它們只是資訊的載體,介於生命和非生命之間。
但巨型病毒讓這條邊界變得模糊。它們有自己的代謝相關基因,有複雜的蛋白質合成輔助系統,有可以被更小的病毒寄生的複雜度。某種意義上,它們比一些極度退化的細胞內寄生菌(比如立克次體)還要具備更多生命的特徵。
有科學家提出,巨型病毒代表了一個第四域生命,與細菌、古菌、真核生物並列,是遠古時代某種原始細胞生命退化演變的後裔。也有科學家認為,巨型病毒的複雜基因組很可能主要來自與宿主之間長期的基因水平轉移,是不斷偷竊基因的結果,而不是退化自某種更複雜的祖先。這場爭論到今天仍然沒有結論。
眼蟲:會游泳的植物,會光合的動物
再比如眼蟲,它到底是植物還是動物,很讓人頭疼,因為它同時有著兩者的核心特徵。
眼蟲(Euglena)是一種單細胞真核生物,體長大約五十到一百微米,生活在淡水池塘、水溝、稻田這些不起眼的地方。你拿一滴綠色的池塘水,放到鏡下,看到那些靠著一根鞭毛螺旋著向前游的小東西,很可能就是眼蟲。
眼蟲的細胞裡有葉綠體,能進行光合作用。只要有光,它就可以像植物一樣,用二氧化碳和水合成有機物,完全自給自足。
這種能力按理說只屬於植物和藻類。憑這一點,植物學家就覺得它理所當然應該歸入植物的體系,早期的植物學文獻把它列入裸藻類,作為藻類的一個分支處理。
但是眼蟲又有鞭毛,能主動游泳,而且還不是漫無目的地游動。它的前端有一個叫眼點的結構,裡面富含感光色素,能感知光線的方向,讓眼蟲朝著光源游動。這種趨光行為,結合主動運動的能力,明顯帶著動物的特徵。
更重要的是,當光線不足的時候,眼蟲會切換策略,變成異營模式,直接透過胞吞作用攝取外部的有機顆粒,這完全是原生動物的做法。
這讓動物學家也認為它屬於自己的領地,早期的動物學分類把它列入鞭毛蟲綱,歸入原生動物。
於是在相當長的一段歷史時期裡,眼蟲同時出現在植物學教材和動物學教材裡。
現代分子生物學出現之後,這場爭論有了新的答案。研究發現,眼蟲的葉綠體並不是它祖先本來就有的結構,而是透過一種叫做二次內共生的過程獲得的。
所謂內共生,最初的那一次是大約十五億年前,一個原始的真核細胞吞下了一個藍藻,沒有把它消化掉,反而讓它在細胞裡定居下來,最終演化成葉綠體。這就是植物和綠藻的起源。
眼蟲的情況是在這之後又發生了一次。它的祖先吞下了一個已經擁有葉綠體的綠藻,同樣沒有消化,那個綠藻就在眼蟲的細胞裡住了下來,逐漸退化成只剩葉綠體的功能。
這就是二次內共生,結果是眼蟲的葉綠體外面包了三層膜,而普通植物的葉綠體只有兩層。多出來的那一層,就是當年那個被吞掉的綠藻細胞膜的遺跡。
這個發現使得眼蟲的分類問題更加複雜。它不只是動物和植物的中間地帶。從演化角度看,它的光合能力是半路借來的,和真正的植物不是同源的。
更有意思的是,眼蟲在某種程度上是一個關於光合作用起源的活化石。植物的祖先透過一次內共生獲得葉綠體,眼蟲的祖先透過兩次內共生走了一條彎路,結果卻到達了一個功能類似的終點。
這說明光合作用這種能力,在真核生物的歷史上被水平轉移了不止一次。演化找到了不止一條路通向同一個功能。

團藻:一個生命,還是五萬個生命
眼蟲的問題在於它到底是動物還是植物。團藻的問題則是,它是一個生命體,還是一群生命體。



